Y hasta tal punto resaltaba su ejemplo que todos lo consideraban digno de los más altos cargos eclesiásticos. Tanto es así que, a pesar de su humilde resistencia, al quedar vacante la sede de Worms, todos los electores convinieron en promoverlo para aquella cátedra.
Ruperto encomendó el asunto al Señor. Vio en ello su voluntad, que se le manifestaba a través de diversas circunstancias, y aceptó. La dignidad episcopal no le liberó de la antigua austeridad de vida. Al contrario, al ver que la idolatría y el paganismo abundaban tanto en su ciudad, se sintió todavía más obligado a entregarse a ayunos, mortificaciones, vigilias y penitencias. Esto y el ejemplo de sus virtudes era el mejor apoyo para su predicación y celo apostólico en favor de aquellas almas y de otras que la divina Providencia iba a confiarle pronto.
De todas partes acudían a oírle y pedirle consejo. Era un oráculo para todos los hombres de bien. Pero los infieles de Worms, que eran muy numerosos, apoyados por el conde Bercario, haciendo oídos sordos y sin querer ver aquel dechado de virtudes, se volvieron contra él, lo ultrajaron, lo azotaron y lo expulsaron. Dos años anduvo errante Ruperto, lejos de su rebaño. Aprovechó para visitar Roma y entrevistarse con el Papa.
Teodón, Duque de Baviera, que había oído hablar de las muchas virtudes que adornaban a Ruperto, mandó emisarios para rogarle que viniese a predicar el Evangelio en sus Estados. Teodón salió a recibirle a Ratisbona, y con tanto empeño se empleó Ruperto en la predicación del Evangelio, que Teodón aceptó la nueva religión, se hizo bautizar, y con él, los principales de la Corte y del ejército, y el pueblo les siguió.
Aquellas provincias habían sido evangelizadas doscientos años antes por San Severino, pero poco a poco habían vuelto a la idolatría. El celo y ardimiento de San Ruperto las recuperó para Cristo, y extendió su acción hacia oriente, evangelizando también la actual Austria. La fe arraigó muy profundamente en estas zonas, y para asegurarla estableció su sede episcopal en Salzburgo, donde transformó un antiguo castillo romano en catedral dedicada a San Pedro. La elección de Salzburgo para sede episcopal fue después confirmada por León III, a petición de Carlomagno el 798.
Para fortalecer la fe de estas nuevas cristiandades se trajo misioneros de Baviera, y con ellos su sobrina, Santa Erentrudis, y otras religiosas, para las que construyó el célebre monasterio de Nonnberg - la montaña de las monjas - del que Erentrudis fue ejemplar abadesa.
Otras muchas donaciones hizo Teodón a San Ruperto para bien de la religión. Muerto Teodón, su hijo Teodeberto siguió favoreciendo cuanto pudo, como su padre, todas las actividades apostólicas de San Ruperto.
Quedó al final rendido el apóstol de Baviera y Austria. Había sacrificado su vida. Había vivido en tensión por su grey. Celebró con fervor la Cuaresma, y se fue al Paraíso a celebrar la Pascua. Era el año 647. Su sepulcro en Salzburgo fue centro de peregrinaciones para Austria y Baviera, por los muchos milagros que se obraban por su intercesión.
Santoral preparado por la Parroquia de la Sagrada Familia de Vigo.
