Los monjes de Vicovaro, a la muerte de su abad, lo invitaron a asumir la dirección de su comunidad. Esta comunidad no se ajustó a la disciplina monástica del santo, y él pronto regresó a Subiaco a comenzar la gran obra para la que Dios lo había preparado durante sus años de soledad. Erigió doce pequeños monasterios que con el paso del tiempo, fueron destruidos: todos menos uno, el actual monasterio de Santa Escolástica.
En Subiaco empezó a redactar su regla en latín vulgar, conforme a las exigencias espirituales y materiales de los laicos que querían dedicarse al ascetismo bajo su dirección.
Benito se instaló sobre el monte que domina la llanura de la vega del Liri; derribó los altares de las falsas divinidades, taló los pequeños bosques sacros y con asiduidad se dedicó a la predicación para la conversión de los campesinos que aún eran paganos. Muy pronto, la fama de santidad y virtud de San Benito y sus seguidores se hizo célebre en el cenobio, por lo que el santo recibió notables donaciones del patricio Tertulio y de Gesulfo. La gente acudía continuamente al monte para pedir al taumaturgo ayuda y protección; los religiosos para pedirle consejos al santo; los poderosos del templo para pedirle al profeta sabias enseñanzas.
La regla disciplinaria de la vida interior y exterior dominó sin contrastes la comunidad monástica hasta el siglo XII. Esta regla propone al religioso un plan de vida basado en las oraciones y el trabajo, la estabilidad del lugar, la conversión de los malos hábitos y la obediencia bajo la dirección patriarcal del abad.
Unos cuarenta días después que San Benito viera el alma de su hermana Escolástica volar al cielo bajo la forma de una blanquísima paloma, comunicó a algunos de sus discípulos el día de su muerte. Seis días antes les pidió que excavaran su tumba. El 21 de marzo, con una violenta fiebre, quiso que le llevaran al oratorio. Tras recibir la Eucaristía, mientras rezaba de pie, rindió su espíritu a Dios entre los brazos de sus discípulos. Su cuerpo fue enterrado junto al de su hermana, en el sepulcro que él había hecho preparar bajo el altar de San Juan Bautista.
San Benito fue tentado en varias ocasiones por el diablo y siempre salió victorioso. Exhortaba a santiguarse con la cruz el corazón para ser liberados de las sugestiones diabólicas.
Con este signo de salvación, San Benito se libró del veneno que algunos monjes, a quienes no les agradaban las reglas disciplinarias del santo, le ofrecieron en un vaso de vidrio que contenía la mortal bebida. Benito alzó la mano, trazó el signo de la cruz, y el jarrón se hizo añicos, como si en lugar de una bendición le hubiera lanzado una piedra. A este episodio, según el relato de San Gregorio, por su amor a la Santa Cruz y la bendición inspirada que utilizó en sus palabras para bendecir, se debe la fama de protección y exorcismo del Crucifijo de San Benito. San Benito, abad. En Montecasino, muerte de san Benito, abad, cuya memoria se celebra el día once de julio (547).
